Biophysical Chemistry and Molecular Oncology
Running projects
Development of Electroanalytical Methods for Interaction of Galectins and Glycomimetic Ligands – New Potential Anticancer Drugs
Project ID code: 23-06115S
Provider: GAČR
Years: 2023 - 2025
Solver: Daňhel Aleš
Project's aims:
1. Synthesis of novel organometallic galectin ligands based on the electroactive ferrocene or ruthenium arenes.
2. Development of spectro-electrochemical methods for the characterization of the ligands and for the galectin-ligand interaction studies.
3. Selection of the ligands as potential galectin inhibitors.
Finished projects
Electroactive and fluorescent modifications of nucleic acids for structure & interaction studies and for applications in diagnostics
Project ID code: 22-11252S
Provider: GAČR
Years: 2022 - 2024
Solver: Miroslav Fojta
Local DNA structures and their role in mutant p53 protein function in human tumours
Project ID code: 22-21903S
Provider: GAČR
Years: 2022 - 2024
Solver: Václav Brázda
New tools for research and diagnostics of glycans and glycoproteins using electrochemical analysis and chemical modification
Project ID code: 22-26590S
Provider: GAČR
Years: 2022 - 2024
Solver: Veronika Ostatná
Development of a sensitive and selective electrochemical genosensor for on-site detection of Citrus Bark Cracking Viroid (CBCVd)
Project ID code: 21-46325L
Provider: GAČR
Investigator: Samo Hocevar, National Institute of Chemistry, Ljubljana
Years: 2021 - 2024
States participating: Slovinsko
Solver: Miroslav Fojta
Study of electrochemical and adsorption processes on nanostructured sp2 and sp3 carbon surfaces in relation to their physico-chemical characteristics
Project ID code: 20-03187S
Provider: GAČR
Years: 2020 - 2022
Solver: Hana Pivoňková
Tuning of electrochemical properties of boron polyhedral by advanced substitutions towards their use in bioconjugates: systematic basic research
Project ID code: 19-04630S
Provider: GAČR
Years: 2019 - 2021
Solver: Lukáš Fojt
Guanine quadruplex-mediated functions of p53, p63 and p73 proteins in cancer biology
Project ID code: 19-15168S
Provider: GAČR
Years: 2019 - 2021
Solver: Marie Brázdová
Comparative study of DNA interacting properties of the tumor suppressor p53 protein isoforms
Project ID code: 18-155485
Provider: GAČR
Years: 2018 - 2020
Solver: Václav Brázda
New tools of label-free electrochemical analysis of protein interactions with nucleic acids and proteins
Project ID code: 18-18154S
Provider: GAČR
Years: 2018 - 2020
Solver: Veronika Ostatná
Nanostructured surfaces of silver amalgam for electrochemical and optical methods of biomolecule analysis
Project ID code: GJ17-23634Y
Provider: GAČR
Years: 2017 - 2019
Solver: Daňhel Aleš
Chemical modification and electrochemical analysis of nucleic acids as a new tool in molecular oncology
Project ID code: 17-08971S
Provider: GAČR
Years: 2017 - 2019
Solver: Veronika Ostatná
Struktura DNA v roztoku a na površích elektrod: elektrochemické metody jako účinné nástroje analýzy struktury a interakcí DNA
Project ID code: 16-01625S
Provider: GAČR
Years: 2016 - 2018
Solver: Miroslav Fojta
Centrum nových přístupů k bioanalýze a molekulární diagnostice
Project ID code: GBP206/12/G151
Provider: GAČR
Years: 2012 - 2018
Solver: Miroslav Fojta
New tools for research and diagnostics of diseases. Microfluidic reactors and electrochemistry for analysis of proteins and their glycosylation.
Project ID code: 15-15479S
Provider: GAČR
Years: 2015 - 2017
Solver: Emil Paleček
Influence of conformation motifs and epigenetic modifications to DNA binding properties of p53 family proteins
Project ID code: 15-21855S
Provider: GAČR
Years: 2015 - 2017
Solver: Václav Brázda
Novel reactive groups introduced in nucleic acids for modification with oxoosmium complexes: structural and analytical aspects.
Project ID code: 15-08434S
Provider: GAČR
Years: 2015 - 2017
Solver: Luděk Havran
Interactions of p53 family proteins with biologically significant DNA quadruplexes
Project ID code: 13-36108S
Provider: GAČR
Years: 2013 - 2015
Solver: Marie Brázdová
Rozvoj moderních trendů v experimentální biologii: význam biomolekulárních interakcí pro funkci buněčných struktur
Project ID code: EE2.3.30.0019
Provider: MŠMT
Years: 2012 - 2015
Solver: Miroslav Fojta
Optical and electrochemical approaches to study the adsorption behavior of proteins at the metal interfaces for use in medical applications
Project ID code: M200041209
Provider: AV ČR
Years: 2012 - 2015
Solver: Stanislav Hasoň
Nové elektrochemické senzory a detekční techniky pro analýzu struktury a interakcí nukleových kyselin.
Project ID code: GAP206/11/1638
Provider: GAČR
Years: 2011 - 2015
Solver: Miroslav Fojta
Vazba na DNA, stresem indukovaná exprese a transaktivační aktivita izoforem proteinu p73
Project ID code: GAP301/11/2076
Provider: GAČR
Years: 2011 - 2015
Solver: Hana Pivoňková
Influence of conformation and chemical modification on the behaviour of oligonucleotides at electrodes: towards the development of DNA sensors
Project ID code: P206/12/2378
Provider: GAČR
Years: 2012 - 2014
Solver: Luděk Havran
Induced organization of biomolecules at interfaces by interacting with electrically charged surfaces as a tool for medical diagnostics
Project ID code: P205/10/2378
Provider: GAČR
Years: 2010 - 2014
Solver: Stanislav Hasoň
Spectroscopic and electrochemical characterization of photo-oxidized proteins
Project ID code: 7AMB12AR028
Provider: MŠMT
Years: 2012 - 2013
Solver: Veronika Ostatná
Značení DNA redoxními markery pro elektrochemickou detekci. Aplikace v analýze nukleotidových sekvencí a v molekulární diagnostice.
Project ID code: IAA400040901
Provider: GA AV
Years: 2009 - 2013
Konstrukce nových funkčních nukleových kyselin pro aplikace v chemické biologii, katalýze a samoskladbě
Project ID code: GA203/09/0317
Provider: GA ČR
Years: 2009 - 2013
The role of p53 DNA structure-selective binding in brain cancer.
Project ID code: P301/10/2370
Provider: GAČR
Years: 2010 - 2012
Solver: Marie Brázdová
Reaction of Six-valent and Eight-valent Osmium Complexes with Biomacromolecules and Their Application in Biomedicine.
Project ID code: P301/10/P548
Provider: GAČR
Years: 2010 - 2012
Solver: Mojmír Trefulka
Transcriptional activities of wild-type and mutant p53, decision between cell proliferation, cell cycle arrest and apoptosis.
Project ID code: 301/10/1211
Provider: GAČR
Years: 2010 - 2012
Solver: Václav Brázda
Moderní biofyzikální metody: pokročilé praktické vzdělávání v experimentální biologii
Project ID code: EE2.3.09.0046
Provider: MŠMT
Years: 2009 - 2012
Interakce proteinů a nukleových kyselin s povrchy. Nové nástroje pro biomedicínu
Project ID code: ME09038
Provider: MŠMT
Years: 2009 - 2012
Aggregation of alpha synuclein in Parkinson's disease
Programme name: Programme of International Collaboration of the AS CR
Coordinator: Veronika Ostatná, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
Investigator: Emil Paleček, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
Years: 2009 - 2012
States participating: Germany, Czech Republic
Complex interaction of oncology-related important transcription factors with target DNA in vitro and in vivo
Programme name: Academy of Sciences of the Czech Republic, international cooperation
Coordinator: Václav Brázda, Ph.D., Institute of Biophysics ASCR, v.v.i.
Investigator: Cheryl Arrowsmith, Ph.D., Ontario Cancer Institute, Toronto, Canada
Years: 2009 - 2012
States participating: Czech Republic, Canada
Aggregation of alpha synuclein in Parkinson’s disease.
Project ID code: M20004090
Provider: AV ČR
Years: 2009 - 2012
Solver: Veronika Ostatná
Complex interaction of oncology-related important transcription factors with target DNA in vitro and in vivo.
Project ID code: M200040904
Provider: AV ČR
Years: 2009 - 2012
Solver: Václav Brázda
Interactions of proteins and nucleic acids with surfaces. New tools for biomedicine.
Programme name: ME - KONTAKT
Coordinator: J.Wang, Dept.Nanoengineering, La Jolla, CA 92093-0448, USA
Investigator: Emil Paleček, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
Years: 1996 - 2012
States participating: USA, Czech Republic
Mezifázové a elektrochemické chování syntetických oligonukleotidů: vliv nukleotidové sekvence, konformace a chemické modifikace
Project ID code: IAA400040903
Provider: GA AV
Years: 2009 - 2011
Mezifázové vlastnosti alfa-synucleinu a agregace tohoto proteinu v Parkinsonově nemoci
Project ID code: KJB100040901
Provider: GA AV
Years: 2009 - 2011
Stomatological Research Center.
Project ID code: M0528
Provider: MŠMT
Years: 2005 - 2011
Aplikace elektrochemických metod zaměřených na mikroanalýzu bází nukleových kyselin a oligonukleotidů
Project ID code: IAA400040804
Provider: GA AV
Years: 2008 - 2010
Využití fyzikálních metod studia adsorpce nukleových kyselin a proteinů na rozhraních v lékařské diagnostice a při studiu biokompatibility
Project ID code: GA202/08/1688
Provider: GA ČR
Years: 2008 - 2010
Bioinformatická a experimentální identifikace nekanonických struktur v genomové DNA
Project ID code: GA204/08/1560
Provider: GA ČR
Years: 2008 - 2010
Elektrochemické nástroje pro detekci mutací a polymorfismů v DNA
Project ID code: GP203/08/P598
Provider: GA ČR
Years: 2008 - 2010
Interakce standardního a mutantních proteinů p53 s poškozenou DNA a jejich význam při odpovědi buněk na protinádorovou chemoterapii
Project ID code: IAA500040701
Provider: GA AV
Years: 2007 - 2010
Elektrochemická a optická analýza biomakromolekul na mikroelektrodách pokrytých nanovrstvami elektroaktivního materiálu
Project ID code: KAN200040651
Provider: AV ČR
Years: 2006 - 2010
Nanotechnologie pro proteinovou a genovou diagnostiku
Project ID code: KAN400310651
Provider: AV ČR
Years: 2006 - 2010
Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu.
Project ID code: LC06035
Provider: MŠMT
Years: 2006 - 2010
Analýza struktury a interakcí DNA pomocí elektrochemických technik a chemických sond. Nové metody a senzory pro detekci poškození DNA
Project ID code: GA203/07/1195
Provider: GA ČR
Years: 2007 - 2009
Elektrody modifikované proteiny a DNA. Nové nástroje pro biomedicínu
Project ID code: GA301/07/0490
Provider: GA ČR
Years: 2007 - 2009
Interakce proteinů s povrchy. Nové biofyzikální metody analýzy nádorového supresoru p53
Project ID code: GP202/07/P497
Provider: GA ČR
Years: 2007 - 2009
Interakce proteinu p73 a jeho isoforem s DNA. Vliv nadšroubovicového vinutí, konformace DNA a protinádorových činidel
Project ID code: GP204/07/P476
Provider: GA ČR
Years: 2007 - 2009
Studium posttranslační modifikace nádorového supresoru proteinu p53, jeho homologů a interagujících proteinů v lidských nádorových buněčných liniích
Project ID code: GP301/07/P160
Provider: GA ČR
Years: 2007 - 2009
Nové přístupy v elektrochemické analýze nukleových kyselin a oligonukleotidů zaměřené na ultrasensitivní mikrodetekci DNA a detekci DNA hybridizace.
Project ID code: IAA100040602
Provider: GA AV
Years: 2006 - 2008
Využití elektrochemických metod při studiu oligonukleotidů jako modelů alternativních struktur DNA
Project ID code: IAA400040611
Provider: GA AV
Years: 2006 - 2008
Mikroanalytická instrumentace pro analýzy biopolymerů modifikovaných strukturními sondami
Project ID code: GA203/06/1685
Provider: GA ČR
Years: 2006 - 2008
DNA vytvářející triplexy a jejich interakce s proteiny p53
Project ID code: GP204/06/P369
Provider: GA ČR
Years: 2006 - 2008
Standardní (wild type) a mutovaný nádorový supresor protein p53. Mezimolekulární interakce, změny konformace a nové mikrometody jeho analysy
Project ID code: IAA500040513
Provider: GA AV
Years: 2005 - 2008
Aplikace biofyzikálních metod v biotechnologii a v biomedicině.
Project ID code: ME 920
Provider: MŠMT
Years: 2007 - 2007
Mutanty nádorového supresoru proteinu p53 a regulace jejich DNA vazebné aktivity
Project ID code: KJB500040502
Provider: GA AV
Years: 2005 - 2007
Konjugáty nukleobází s komplexy kovů jako elektroaktivní značky. Využití značených oligonukleotidů v senzorech pro hybridizaci DNA
Project ID code: GA203/05/0043
Provider: GA ČR
Years: 2005 - 2007
Sensibilizace nádorových buněk k chemoterapeutikům cílenými inaktivacemi p53-kináz a homologů p53 jako možná terapeutická strategie v onkologii
Project ID code: GA301/05/0416
Provider: GA ČR
Years: 2005 - 2007
Elektrochemické detektory hybridizace DNA a jejich aplikace v DNA diagnostice
Project ID code: IAA4004402
Provider: GA AV
Years: 2004 - 2007
Výzkum a vývoj nového typu elektrochemického biosenzoru pro detekci sekvence nukleotidů v DNA a genotoxických agens v prostředí.
Project ID code: 1H-PK/42
Provider: MPO
Years: 2004 - 2007
Interakce mutantních proteinů p53 s genomovou DNA in vitro a in vivo
Project ID code: 1K04119
Provider: MŠMT
Years: 2004 - 2007
Interakce biopolymerů s ligandy a detekce jejich konformačních změn na fázových rozhraních pomocí elektrochemických a optických metod
Project ID code: IAA4004404
Provider: GA AV
Years: 2004 - 2006
Nové přístupy ve vývoji elektrochemických senzorů pro poškození DNA
Project ID code: GA203/04/1325
Provider: GA ČR
Years: 2004 - 2006
Vliv superhelicity DNA na sekvenčně specifickou a strukturně selektivní vazbu proteinu p53
Project ID code: GP301/04/P025
Provider: GA ČR
Years: 2004 - 2006
Možnosti elektrochemických metod v genomice, základy vývoje biosenzorů DNA
Project ID code: IBS5004355
Provider: AV ČR
Years: 2003 - 2005
Využití chemických strukturních sond a elektroanalytických metod při detekci poškození DNA. Vývoj DNA senzorů.
Project ID code: KJB4004302
Provider: GA AV
Years: 2003 - 2005
Chemicky modifikované pevné elektrody v elektrochemické analýze nukleových kyselin a jejich složek
Project ID code: KJB4004305
Provider: GA AV
Years: 2003 - 2005
Využití elektrochemie v analýze proteinů a při detekci hybridizace DNA
Project ID code: GA204/03/0566
Provider: GA ČR
Years: 2003 - 2005
Vývoj metod a konstrukce sensorů pro detekci interakcí DNA s léky
Project ID code: ME 685
Provider: MŠMT
Years: 2003 - 2005
Rozpoznání poškození DNA nádorově supresorovými proteiny. Vliv protinádorových léčiv.
Project ID code: NC7574
Provider: MZ
Years: 2003 - 2005
Aplikace biofyzikálních metod v biotechnologické a klinické praxi
Project ID code: IBS5004107
Provider: AV ČR
Years: 2001 - 2005
Interakce nádorově supresorových proteinů s DNA. Úlohy konformace DNA a modifikací proteinu.
Project ID code: GA204/02/0734
Provider: GAČR
Years: 2002 - 2004
Solver: GA204/02/0734
Vývoj elektrochemických biodetektorů pro poškození DNA.
Project ID code: IAA4004108
Years: 2001 - 2003
Solver: Miroslav Fojta
Interakce nádorově supresorového proteinu p53 s poškozenou DNA a s DNA vystavenou působení léků proti nádorovým onemocněním.
Project ID code: NC5343
Years: 1999 - 2001
Solver: Miroslav Fojta
Elektrody jako regulátory štěpení imobilizované DNA chemickými nukleázami závislými na redoxních reakcích.
Project ID code: IAA4004801
Years: 1998 - 2000
Solver: Miroslav Fojta
Application of biophysical methods in biotechnology and biomedicine
Programme name: KONTAKT 7_2006_19 Ministry of Education of the CR - Bilateral Czech-Greek Scientific-Technical Cooperation
Coordinator: Vladimír Vetterl, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
Investigator: Vladimír Vetterl, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
Years: 2006 - 0
States participating: Slovakia, Czech Republic
6FP EU, MERG-6-CT-2005-014875, European Reintegration Grant, „Novel interactions of mutant p53 with genomic DNA in vitro and in vivo“,
Programme name: FP6-MOBILITY, Sixth Framework Programme, Marie Curie European Reintegration Grants (ERG)
Coordinator: Emil Paleček, Institute of Biophysics, AS CR, Brno
Investigator: Marie Brázdová, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
States participating: Czech Republic
Mutant p53 a target for improved cancer treatment
Programme name: EU LSHC-CT-2004- 502983
Coordinator: Klas Wiman, Karolinska Institute, Sweden
Investigator: Emil Paleček, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
States participating: Sweden, Holland, Germany, Italy, Norway, Israel, England, France, Estonia, Czech Republic
New chemical and biochemical sensors for analysis of food, enviromental and medical samples
Programme name: Sixth Framework Programme - Marie Curie Host Fellowships - Transfer of knowledge (TOK) - Development Scheme
Coordinator: Jerzy Radecki, Institute of animal reproduction and food research - Polish Academy of Sciences, Olsztyn, Poland
Investigator: Emil Paleček, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
States participating: Poland, Czech Republic,
Development of methods and construction of sensors for the detection of interaction of DNA with drugs
Programme name: KONTAKT ME 685 Ministry of Education of the CR - Bilateral Czech-Greek Cooperation
Coordinator: Vladimír Vetterl, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
Investigator: Vladimír Vetterl, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
States participating: Greece, Czech Republic
Study of DNA hybridization at surfaces
Programme name: KONTAKT 94 Ministry of Education of the CR - Bilateral Czech-Slovak Cooperation
Coordinator: Vladimír Vetterl, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
Investigator: Vladimír Vetterl, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
States participating: Greece, Czech Republic
Application of biophysical methods in biotechnology and biomedicine
Programme name: KONTAKT ME 920 Ministry of Education of the CR - Bilateral Czech-Greek Cooperation
Coordinator: Vladimír Vetterl, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
Investigator: Vladimír Vetterl, Institute of Biophysics, AS CR, Brno, Czech Republic
States participating: Slovakia, Czech Republic