| size | 12377 |
| size_real | 12377 |
| ecount | 389616 |
| supercluster | 1 |
| annotations_summary | 0.02% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-GAG 0.02% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatV:Ty3-RT 0.01% 45S_rDNA/25S_rDNA 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-INT 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/TAR:Ty1-RT 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ivana:Ty1-RH |
| pair_completeness | 0.373848373848374 |
| pbs_score | None |
| TR_score | None |
| TR_monomer_length | None |
| loop_index | 0.00484770138159489 |
| satellite_probability | 8.09461165944467e-21 |
| consensus | None |
| TAREAN_annotation | Other |
| orientation_score | 1 |
| Species | Read count |
|---|---|
| S8 | 15 |
| S5 | 3940 |
| S4 | 4390 |
| S7 | 7 |
| S9 | 18 |
| S6 | 3980 |
| S2 | 8 |
| S1 | 4 |
| S3 | 8 |
| S8 | S5 | S4 | S7 | S9 | S6 | S2 | S1 | S3 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| S8 | 0.0 | 128.0 | 149.0 | 0.0 | 0.5 | 146.0 | 1.0 | 0.0 | 0.5 |
| S5 | 128.0 | 39700.0 | 43800.0 | 50.5 | 195.0 | 40300.0 | 176.0 | 4.0 | 103.0 |
| S4 | 149.0 | 43800.0 | 48300.0 | 52.5 | 220.0 | 44400.0 | 190.0 | 7.5 | 115.0 |
| S7 | 0.0 | 50.5 | 52.5 | 0.0 | 0.0 | 53.0 | 1.0 | 0.0 | 0.0 |
| S9 | 0.5 | 195.0 | 220.0 | 0.0 | 1.0 | 189.0 | 1.0 | 0.0 | 0.5 |
| S6 | 146.0 | 40300.0 | 44400.0 | 53.0 | 189.0 | 40600.0 | 177.0 | 5.5 | 98.5 |
| S2 | 1.0 | 176.0 | 190.0 | 1.0 | 1.0 | 177.0 | 0.0 | 0.0 | 0.5 |
| S1 | 0.0 | 4.0 | 7.5 | 0.0 | 0.0 | 5.5 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| S3 | 0.5 | 103.0 | 115.0 | 0.0 | 0.5 | 98.5 | 0.5 | 0.0 | 0.0 |
| S8 | S5 | S4 | S7 | S9 | S6 | S2 | S1 | S3 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| S8 | 0.000 | 0.942 | 0.995 | 0.00 | 0.754 | 1.070 | 1.68 | 0.000 | 1.440 |
| S5 | 0.942 | 0.999 | 1.000 | 1.01 | 1.010 | 1.000 | 1.01 | 0.736 | 1.010 |
| S4 | 0.995 | 1.000 | 0.999 | 0.95 | 1.030 | 1.000 | 0.99 | 1.250 | 1.030 |
| S7 | 0.000 | 1.010 | 0.950 | 0.00 | 0.000 | 1.040 | 4.54 | 0.000 | 0.000 |
| S9 | 0.754 | 1.010 | 1.030 | 0.00 | 1.060 | 0.964 | 1.17 | 0.000 | 1.010 |
| S6 | 1.070 | 1.000 | 1.000 | 1.04 | 0.964 | 0.998 | 1.00 | 1.000 | 0.959 |
| S2 | 1.680 | 1.010 | 0.990 | 4.54 | 1.170 | 1.000 | 0.00 | 0.000 | 1.120 |
| S1 | 0.000 | 0.736 | 1.250 | 0.00 | 0.000 | 1.000 | 0.00 | 0.000 | 0.000 |
| S3 | 1.440 | 1.010 | 1.030 | 0.00 | 1.010 | 0.959 | 1.12 | 0.000 | 0.000 |
protein domains:
|
|
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|
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|
CL3 ----> CL6
No. of shared pairs: :1374
CL3 ----> CL33
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CL3 ----> CL13
No. of shared pairs: :501
CL3 ----> CL29
No. of shared pairs: :199
CL3 ----> CL48
No. of shared pairs: :194
CL3 ----> CL15
No. of shared pairs: :114
CL3 ----> CL169
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CL3 ----> CL39
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CL3 ----> CL14
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CL3 ----> CL1
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CL3 ----> CL355
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