| size | 10829 |
| size_real | 10829 |
| ecount | 2650783 |
| supercluster | 1 |
| annotations_summary | 0.02% Class_II/Subclass_1/TIR/hAT:hAT-TPase 0.02% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ale:Ty1-RT 0.02% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ivana:Ty1-INT 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-RH 0.01% Class_II/Subclass_2/Helitron:Helitron-HEL1 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-INT |
| pair_completeness | 0.374936515997969 |
| pbs_score | None |
| TR_score | None |
| TR_monomer_length | None |
| loop_index | 0.00156985871271586 |
| satellite_probability | 8.09461165944467e-21 |
| consensus | None |
| TAREAN_annotation | Other |
| orientation_score | 1 |
| Species | Read count |
|---|---|
| S8 | 3500 |
| S9 | 3740 |
| S7 | 3590 |
| S8 | S9 | S7 | |
|---|---|---|---|
| S8 | 288000 | 299000 | 288000 |
| S9 | 299000 | 309000 | 298000 |
| S7 | 288000 | 298000 | 286000 |
| S8 | S9 | S7 | |
|---|---|---|---|
| S8 | 0.999 | 1.000 | 1.000 |
| S9 | 1.000 | 0.998 | 1.000 |
| S7 | 1.000 | 1.000 | 0.998 |
protein domains:
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|
CL4 ----> CL13
No. of shared pairs: :1861
CL4 ----> CL59
No. of shared pairs: :502
CL4 ----> CL63
No. of shared pairs: :350
CL4 ----> CL134
No. of shared pairs: :39
CL4 ----> CL24
No. of shared pairs: :27
CL4 ----> CL114
No. of shared pairs: :19
CL4 ----> CL25
No. of shared pairs: :18
CL4 ----> CL16
No. of shared pairs: :17
CL4 ----> CL232
No. of shared pairs: :16
CL4 ----> CL2
No. of shared pairs: :13
CL4 ----> CL27
No. of shared pairs: :12