| size | 14737 |
| size_real | 14737 |
| ecount | 1359046 |
| supercluster | 3 |
| annotations_summary | 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ale:Ty1-INT 0.01% Class_II/Subclass_1/TIR/hAT:hAT-TPase 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatV:Ty3-INT 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ale:Ty1-RT 0.01% Class_I/LINE:LINE-ENDO 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-INT 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/SIRE:Ty1-RT 0.01% organelle/plastid 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Tork:Ty1-INT 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ivana:Ty1-INT 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Gymco-II:Ty1-RH 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ivana:Ty1-RT 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-RT 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Angela:Ty1-RT 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/CRM:Ty3-INT 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Tork:Ty1-RT 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/Selgy:Ty3-RT |
| pair_completeness | 0.578851510606385 |
| pbs_score | None |
| TR_score | None |
| TR_monomer_length | None |
| loop_index | 0.00264640021714053 |
| satellite_probability | 1.00051650786948e-21 |
| consensus | None |
| TAREAN_annotation | Other |
| orientation_score | 1 |
| Species | Read count |
|---|---|
| S8 | 4880 |
| S9 | 4960 |
| S7 | 4890 |
| S8 | S9 | S7 | |
|---|---|---|---|
| S8 | 152000 | 154000 | 149000 |
| S9 | 154000 | 155000 | 151000 |
| S7 | 149000 | 151000 | 146000 |
| S8 | S9 | S7 | |
|---|---|---|---|
| S8 | 1.000 | 1.000 | 0.999 |
| S9 | 1.000 | 0.998 | 1.000 |
| S7 | 0.999 | 1.000 | 0.999 |
protein domains:
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|
CL2 ----> CL8
No. of shared pairs: :1005
CL2 ----> CL29
No. of shared pairs: :935
CL2 ----> CL74
No. of shared pairs: :59
CL2 ----> CL16
No. of shared pairs: :44
CL2 ----> CL35
No. of shared pairs: :39
CL2 ----> CL13
No. of shared pairs: :29
CL2 ----> CL1
No. of shared pairs: :28
CL2 ----> CL24
No. of shared pairs: :21
CL2 ----> CL147
No. of shared pairs: :21
CL2 ----> CL21
No. of shared pairs: :16
CL2 ----> CL261
No. of shared pairs: :16
CL2 ----> CL4
No. of shared pairs: :13
CL2 ----> CL63
No. of shared pairs: :13
CL2 ----> CL3
No. of shared pairs: :12
CL2 ----> CL12
No. of shared pairs: :11
CL2 ----> CL18
No. of shared pairs: :11
CL2 ----> CL384
No. of shared pairs: :11
CL2 ----> CL22
No. of shared pairs: :10