| size | 3927 |
| size_real | 3927 |
| ecount | 112655 |
| supercluster | 14 |
| annotations_summary | 0.08% Class_I/LTR/Ty1_copia/SIRE:Ty1-RT 0.05% Class_I/LTR/Ty1_copia/TAR:Ty1-RT 0.03% organelle/mitochondria 0.03% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-INT 0.03% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatV:Ty3-RH |
| pair_completeness | 0.472993248312078 |
| pbs_score | None |
| TR_score | None |
| TR_monomer_length | None |
| loop_index | 0.00101858925388337 |
| satellite_probability | 3.54668226065428e-21 |
| consensus | None |
| TAREAN_annotation | Other |
| orientation_score | 1 |
| Species | Read count |
|---|---|
| S5 | 1350 |
| S4 | 1330 |
| S6 | 1250 |
| S5 | S4 | S6 | |
|---|---|---|---|
| S5 | 14000 | 13500 | 12100 |
| S4 | 13500 | 13000 | 11800 |
| S6 | 12100 | 11800 | 10800 |
| S5 | S4 | S6 | |
|---|---|---|---|
| S5 | 1.000 | 1.000 | 0.994 |
| S4 | 1.000 | 0.998 | 0.998 |
| S6 | 0.994 | 0.998 | 1.010 |
protein domains:
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|
CL84 ----> CL67
No. of shared pairs: :135
CL84 ----> CL2
No. of shared pairs: :78
CL84 ----> CL119
No. of shared pairs: :44
CL84 ----> CL98
No. of shared pairs: :24
CL84 ----> CL120
No. of shared pairs: :17
CL84 ----> CL77
No. of shared pairs: :13
CL84 ----> CL1
No. of shared pairs: :10