| size | 8278 |
| size_real | 8278 |
| ecount | 40887 |
| supercluster | 19 |
| annotations_summary | 0.05% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-RT 0.02% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-RH 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/TAR:Ty1-INT 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/chromo-unclass:Ty3-INT 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-RT 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatV:Ty3-INT 0.01% Class_II/Subclass_2/Helitron:Helitron-HEL2 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-RH 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatV:Ty3-PROT 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/CRM:Ty3-PROT 0.01% organelle/plastid 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Tork:Ty1-RT |
| pair_completeness | 0.429706390328152 |
| pbs_score | None |
| TR_score | None |
| TR_monomer_length | None |
| loop_index | 0.00942256583715873 |
| satellite_probability | 1.0041894271145e-20 |
| consensus | None |
| TAREAN_annotation | Other |
| orientation_score | 1 |
| Species | Read count |
|---|---|
| S5 | 2800 |
| S4 | 2680 |
| S6 | 2800 |
| S5 | S4 | S6 | |
|---|---|---|---|
| S5 | 4630 | 4330 | 4610 |
| S4 | 4330 | 4520 | 4540 |
| S6 | 4610 | 4540 | 4790 |
| S5 | S4 | S6 | |
|---|---|---|---|
| S5 | 1.030 | 0.974 | 0.997 |
| S4 | 0.974 | 1.030 | 0.994 |
| S6 | 0.997 | 0.994 | 1.010 |
protein domains:
|
|
||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
CL28 ----> CL20
No. of shared pairs: :109
CL28 ----> CL65
No. of shared pairs: :90
CL28 ----> CL15
No. of shared pairs: :62
CL28 ----> CL83
No. of shared pairs: :57
CL28 ----> CL510
No. of shared pairs: :14
CL28 ----> CL7
No. of shared pairs: :13
CL28 ----> CL289
No. of shared pairs: :13
CL28 ----> CL643
No. of shared pairs: :11
CL28 ----> CL1077
No. of shared pairs: :11
CL28 ----> CL1
No. of shared pairs: :10