| size | 11824 |
| size_real | 11824 |
| ecount | 1523623 |
| supercluster | 1 |
| annotations_summary | 0.31% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/CRM:Ty3-RT 0.02% organelle/plastid 0.02% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/nonchromo-outgroup:Ty3-RT 0.01% organelle/mitochondria 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatV:Ty3-INT 0.01% Class_II/Subclass_1/TIR/hAT:hAT-TPase 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/SIRE:Ty1-INT 0.01% Class_II/Subclass_2/Helitron:Helitron-HEL2 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ikeros:Ty1-RH 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-PROT 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-RT 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatV:Ty3-RT 0.01% Class_II/Subclass_1/TIR/EnSpm_CACTA:CACTA-TPase 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatV:Ty3-aRH 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/SIRE:Ty1-RT |
| pair_completeness | 0.446891825746451 |
| pbs_score | None |
| TR_score | None |
| TR_monomer_length | None |
| loop_index | 0.116035182679296 |
| satellite_probability | 1.04871845164982e-14 |
| consensus | None |
| TAREAN_annotation | Other |
| orientation_score | 1 |
| Species | Read count |
|---|---|
| S2 | 3810 |
| S1 | 4030 |
| S3 | 3990 |
| S2 | S1 | S3 | |
|---|---|---|---|
| S2 | 160000 | 170000 | 164000 |
| S1 | 170000 | 180000 | 174000 |
| S3 | 164000 | 174000 | 168000 |
| S2 | S1 | S3 | |
|---|---|---|---|
| S2 | 0.999 | 1.000 | 1.000 |
| S1 | 1.000 | 0.999 | 1.000 |
| S3 | 1.000 | 1.000 | 0.998 |
protein domains:
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|
CL4 ----> CL80
No. of shared pairs: :477
CL4 ----> CL49
No. of shared pairs: :316
CL4 ----> CL114
No. of shared pairs: :195
CL4 ----> CL11
No. of shared pairs: :128
CL4 ----> CL33
No. of shared pairs: :122
CL4 ----> CL119
No. of shared pairs: :114
CL4 ----> CL32
No. of shared pairs: :47
CL4 ----> CL126
No. of shared pairs: :47
CL4 ----> CL2
No. of shared pairs: :21
CL4 ----> CL5
No. of shared pairs: :14
CL4 ----> CL37
No. of shared pairs: :13
CL4 ----> CL12
No. of shared pairs: :12
CL4 ----> CL10
No. of shared pairs: :11
CL4 ----> CL496
No. of shared pairs: :11