Bioinformatika

Naše skupina má bohaté zkušenosti z různých oblastí bioinformatiky, zejména genomiky, transkriptomiky, statistiky a vývoje softwaru. V naší práci využíváme data z různých modelových i nemodelových organismů a jsme otevřeni jakékoli spolupráci.

V rámci genomiky se zabýváme skládáním genomů a analýzou genomických dat (BAC sekvenování, Illumina a Oxford nanopore celogenomová sekvenační data, amplikonové sekvenování), predikce a anotace genů, GWAS, Chip-seq, rekonstrukce a analýza repetitivních sekvencí a genomika pohlavních chromozomů.

Pomocí transkripčních analýz jsme schopni provést identifikaci odlišně exprimovaných genů a jejich statistické vyhodnocení. Máme také zkušenosti se zpracováním sekvenačních dat z malých RNA.

Zvláštní postavení v našem výzkumu mají fylogenetické analýzy, při kterých využíváme jak genomická, tak i transkripční data.

Během posledních let jsme vytvořili bioinformatické nástroje (programy LinkYX, BisPrimer, TE-greedy-nester) a několik protokolů pro zpracování a vyhodnocení sekvenančích dat, které byly použity v našich publikacích (např. testování efektivity CRIPR/Cas9 nukleáz, analýza tandemových repetic, identifikace kontaminací v buněčných kulturách).