Spolupráce
Jsme plně otevřeni spolupráci ve všech oblastech našeho výzkumu jak s experimentálními tak s výpočetními skupinami. Máme širokou řadu mezinárodních spoluprací po celém světě s předními skupinami v oblasti výpočetní chemie a experimentů. Mezi nejnovější aktivní spolupráce patří:
Prof. Michal Otyepka, Prof. Petr Jurečka, Prof. Pavel Banáš, Dr. Marie Zgarbová (Univerzita Palackého, Olomouc, Česká republika) - Strukturní dynamika RNA a proteinů, silová pole NA, kvantová chemie
Prof. Ernesto Di Mauro (Univerzita Sapienza, Řím, Itálie) - polymerace prebiotických prekurzorů, katalytická aktivita krátkých oligonukleotidových sekvencí
Prof. Svatopluk Civiš, Dr. Martin Ferus (Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského, AV ČR, Praha) - mechanismus syntézy jednoduchých prebiotických stavebních bloků ve vysokoenergetických podmínkách
Prof. Robert W. Góra (Wroclaw University of Technology, Wroclaw, Polsko) - fotochemické procesy související se vznikem života
Prof. S. Grimme (Univ Bonn, Inst Phys & Theoret Chem, Mulliken Ctr Theoret Chem, Bonn, Německo) – QM výpočty nukleových kyselin
Dr. G. Bussi (SISSA, Terst, Itálie) - simulace nukleových kyselin
Jaroslav Koča (Masarykova univerzita, Brno, Česká republika) - molekulární modelování
Prof. Nils G. Walter (University of Michigan, Ann Arbor, USA) - struktura, dynamika a interakce katalytické RNA
Prof. Neocles B. Leontis, Prof. Craig L. Zirbel (Bowling Green State University, Ohio, USA) - molekulární interakce v ribozomech, RNA bioinformatika
Dr. Filip Lankaš (VŠCHT Praha, Česká republika) – elasticita nukleových kyselin.
Prof. F. Javier Luque (University of Barcelona, Španělsko) - teoretické studium nukleových kyselin
Prof. Modesto Orozco (University of Barcelona, Španělsko) - teoretické studie nukleových kyselin
Prof. F. H. T. Allain (Inst Mol Biol & Biophys, Dept Biol, Švýcarsko) – protein-RNA komplexy
Prof. M. Nowotny (Int Inst Mol & Cell Biol, Lab Prot Struct, Varšava, Polsko) - protein-RNA komplexy
Prof. J. Trylska (Univ Warsaw, Ctr New Technol, Varšava, Polsko) – RNA simulace
Prof. John Sutherland (University of Cambridge, Cambridge, UK) - fotochemické procesy související se vznikem života
Prof. Thomas E. Cheatham, III (University of Utah, Salt Lake City, USA) – NA MD simulace.
Dr. Lukáš Trantírek (Masarykova univerzita, Brno, Česká republika) - DNA quadruplexy.
Dr. Karel Kubíček (Masarykova univerzita, Brno, Česká republika) – interakce DNA-platina
Dr. Richard Štefl (Masarykova univerzita, Brno, Česká republika) – interakce protein–RNA.
Prof. J.A. Platts (Cardiff Univ, Sch Chem, Cardiff, Wales) – QM výpočty nukleových kyselin.
Nohad Gresh (L’Université Paris Descartes, Paříž, Francie) - parametrizace polarizovatelného silového pole SIBFA
Dr. S. Pasquali (Univ Paris Diderot, Lab Biochim Theor, IBPC, Francie) – coarse grain modelování nukleových kyselin
Luc Van Meervelt (Katholieke Universiteit Leuven, Belgie) – chemicky modifikované nukleové kyseliny
Dr. S. Campagne (ETH Zurich, NMR, X-ray crystallography and biochemical methods)
Prof. J. Wöhnert (Goethe-Universität Frankfurt am Main; NMR)
Prof. R. Wigneshweraraj (Imperial College London, biochemical methods),
Dr. Pascal Auffinger (IBMC, CNRS, Strasbourg, structural bioinformatics).