Nejcitovanější vlastní publikace ústavu

Vysoce citované publikace mají velký vliv na další rozvoj oboru, včetně jeho dalšího uplatnění v praxi. Proto je citovanost považována za základní charakteristiku významu vědecké publikace. Významní vědci se poznají podle toho, že jejich práce jsou často citovány a špičkové organizace se poznají podle jejich podílu na nejcitovanějších publikacích země.

Průměrné počty citací závisí na oboru a je tedy nutno porovnávat pouze oborově blízké organizace. To platí i pro námi provedenou analýzu, ve které např. ústavy AV ČR ve stejné sekci považujeme za oborově blízké.

Publikace může vzniknout na půdě jednoho pracoviště nebo může vzniknout ve spolupráci dvou, či několika pracovišť. Mateřské pracoviště, tj. to, kde vznikla významná část práce důležité pro danou publikaci, se obvykle pozná podle korespondujícího autora. V převážné většině případů je také první autor ze stejného pracoviště jako korespondující autor. Jako vlastní publikace určité země, organizace nebo týmu budeme označovat takové práce, kde je korespondující autor z této země, organizace nebo týmu.  Vlastní publikace jsou zřejmě důležité, protože odrážejí schopnost našich vědců přijít na významné zjištění a publikovat tento výsledek v prestižním časopise.

Analýza nejcitovanějších vlastních publikací je jednou z možností jak hodnotit kvalitu výzkumu a její výsledek tedy neposkytuje celkový obraz o výkonnosti týmu nebo instituce. Publikace, které vznikají ve spolupráci (zejména se zahraničními autory) jsou často citovány více. Tak např. ze 100 nejcitovanějších prací, na kterých se podílí ČR z posledních 5 let, má pouze 20 korespondujícího autora z ČR. Spoluúčast na práci, která vzniká v zahraniční laboratoři, může být pochopitelně významnější, než publikace vznikající u nás. Z druhé strany však může být podíl našeho autora na takové publikace velmi malý, často spojený se zahraničním pobytem. V těchto případech má sice náš autor vysoce citovanou publikaci, ale neodráží to zcela jeho schopnost vědecky pracovat a dospět k podobné publikaci v českých podmínkách své mateřské laboratoře. To odrážejí lépe „vlastní“ publikace.

Provedeme analýzu nejcitovanějších vlastních publikací ČR a podíváme se, kolik publikací z horních 100 v každém roce má náš ústav. Vzhledem k časové dynamice citovanosti je potřeba srovnávat počty citací u publikací vzniklých ve stejném roce.  Podívejme se tedy na nejcitovanější publikace, na kterých se podíleli autoři z ČR v jednotlivých létech. Za každý rok snadno nalezneme na WoS publikace ČR (budeme uvažovat pouze práce typu „Article“ nebo „Review“), seřadíme je podle „Times cited“ a 500 nejcitovanějších si uložíme do „Marked listu“.  Po převedení do Excelu nalezneme práce, ve kterých je korespondující autor z ČR (ve sloupečku RP hledáme „czech republic“) a vezmeme 100 nejcitovanějších. Tento krok může být u některých publikací chybný, protože některé práce mohou mít více korespondujících autorů a na WoS se objeví pouze jeden (někdy ten méně významný). Těchto případů však podle našich zkušeností není mnoho.  Za léta 2000-2009 takto dostaneme 1000 publikací, se kterými budeme dále pracovat (v posledních létech jsou počty citací poměrně nízké a může zde dojít časem k drobným změnám).

Na těchto publikacích se AV ČR podílí přibližně polovinou (524 publikací). V seznamu snadno nalezneme zastoupení jednotlivých ústavů (viz obrázek). V horní části obrázku je rozdělení nejcitovanějších publikací mezi ústavy bez ohledu na jejich velikost, dole jsou počty nejcitovanějších publikací normovány na počty pracovníků ústavu (dle výroční zprávy AV). Na obrázku je vidět, že produktivita BFÚ je ve srovnání s jinými ústavy AV ČR jedna z nejvyšších a ve své sekci (5. sekce – vysunuté segmenty) značně převyšuje ostatní ústavy.

V následující tabulce jsou uvedeny počty publikací, průměrné počty citací u 100 nejcitovanějších vlastních prací ČR a počet prací BFÚ mezi 100 nejcitovanějšími vlastními publikacemi ČR.

Tabulka č. 1 Počty publikací ČR typu „article“ nebo „review“ v roce 2000-2010, průměrné počty citací u 100 nejcitovanějších vlastních publikací ČR a podíl autorů BFÚ v této „stovce“ nejlepších.  

ROK	2000	2001	2002	2003	2004	2005	2006	2007	2008	2009
Počet publikací ČR	3585	3835	3946	4129	4522	4659	5464	6334	7155	7694
Průměrný počet citací u 100 nejcitovanějších, vlastních publikací ČR	84	67	80	75	61	54	55	34	26	9,8
Podíl BFÚ na 100 nejcitovanějších, vlastních publikacích ČR	3/100	3/100	8/100	8/100	6/100	6/100	5/100	3/100	5/100	5/100

 Pozn.: počty citací v roce 2009 jsou zatím nízké a zastoupení BFÚ mezi 100 nejcitovanějšími se tak může v průběhu času změnit

Z tabulky vidíme, že počet publikací, na kterých se podílí ČR, kontinuálně roste. Pokles citovanosti je způsoben kratším časem, po který je práce zveřejněna. Počet prací BFÚ mezi nejcitovanějšími publikacemi je však přes dvojnásobnou konkurenci v posledních létech přibližně stálý a na velikost BFÚ značně velký.

Podle šetření ČSÚ činí roční výdaje na základní výzkum v ČR 16 miliard Kč, zatímco BFÚ hospodaří s částkou přibližně 120 mil Kč ročně (polovina je dotace a polovina jsou granty).  Při stejné výkonnosti všech výzkumných týmů v ČR by pravděpodobnost toho, že se publikace BFÚ dostane mezi 100 nejlepších byla 0,75%. Z tabulky vidíme, že výkonnost BFÚ v oblasti nejkvalitnějších výsledků je ve srovnání s průměrem ČR 7x vyšší.

Na těchto publikacích se zpočátku podílelo pouze několik oddělení. Za posledních 5 let, kdy bylo zavedeno v ústavu pravidelné hodnocení výkonnosti týmů, se prakticky všechna oddělení vypracovala tak, že mají své publikace mezi nejlepšími.  

Nejcitovanější vlastní publikace Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i. za jednotlivé roky
(podle stavu ke dni 6.8.2010):

2009

• Kypr, J., Kejnovska, I., Renciuk, D., Vorlickova, M. (2009), Circular dichroism and conformational polymorphism of DNA, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 37, 1713-1725 [AIS=3, IF=7.48 V]
• Dorcak, V., Palecek, E. (2009), Electrochemical Determination of Thioredoxin Redox States, ANALYTICAL CHEMISTRY 81, 1543-1548 [AIS=1.49, IF=5.214 V]
• Fadrna, E., Spackova, N., Sarzynska, J., Koca, J., Orozco, M., Cheatham, TE., Kulinski, T., Sponer, J. (2009), Single Stranded Loops of Quadruplex DNA As Key Benchmark for Testing Nucleic Acids Force Fields, JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 5, 2514-2530 [AIS=1.731, IF=4.804 V]
• Novakova, O., Nazarov, AA., Hartinger, CG., Keppler, BK., Brabec, V. (2009), DNA interactions of dinuclear Ru-II arene antitumor complexes in cell-free media, BIOCHEMICAL PHARMACOLOGY 77, 364-374 [AIS=1.166, IF=4.254 V]
• Palecek, E., Trefulka, M., Fojta, M. (2009), End-labeling of peptide nucleic acid with osmium complex. Voltammetry at carbon and mercury electrodes, ELECTROCHEMISTRY COMMUNICATIONS 11, 359-362 [AIS=1.241, IF=4.243 V]

2008

• Cahova, H., Havran, L., Brazdilova, P., Pivonkova, H., Pohl, R., Fojta, M., Hocek, M. (2008), Aminophenyl- and nitrophenyl-labeled nucleoside triphosphates: Synthesis, enzymatic incorporation, and electrochemical detection, ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION 47, 2059-2062 [AIS=3.296, IF=11.829 V]
• Bartova, E., Krejci, J., Harnicarova, A., Kozubek, S. (2008), Differentiation of human embryonic stem cells induces condensation of chromosome territories and formation of heterochromatin protein 1 foci, DIFFERENTIATION 76, 24-32 [AIS=1.248, IF=3.311 V]
• Palecek, E., Ostatna, V., Masarik, M., Bertoncini, CW., Jovin, TM. (2008), Changes in interfacial properties of alpha-synuclein preceding its aggregation, ANALYST 133, 76-84 [AIS=0.93, IF=3.272 V]
• Bartova, E., Krejci, J., Harnicarova, A., Galiova, G., Kozubek, S. (2008), Histone modifications and nuclear architecture: A review, JOURNAL OF HISTOCHEMISTRY & CYTOCHEMISTRY 56, 711-721 [AIS=0.909, IF=2.372 V]
• Ciz, M., Pavelkova, M., Gallova, L., Kralova, J., Kubala, L., Lojek, A. (2008), The influence of wine polyphenols on reactive oxygen and nitrogen species production by murine macrophages RAW 264.7, PHYSIOLOGICAL RESEARCH 57, 393-402 [AIS=0.41, IF=1.43 V]

2007

• Fojta, M., Kostecka, P., Trefulka, MR., Havran, L., Palecek, E. (2007), Multicolor electrochemical labeling of DNA hybridization probes with osmium tetroxide complexes, ANALYTICAL CHEMISTRY 79, 1022-1029 [AIS=1.49, IF=5.214 V]
• Palecek, E., Fojta, M. (2007), Magnetic beads as versatile tools for electrochemical DNA and protein biosensing, TALANTA 74, 276-290 [AIS=0.74, IF=3.29 V]
• Palecek, E., Ostatna, V. (2007), Electroactivity of nonconjugated proteins and peptides. Towards electroanalysis of all proteins, ELECTROANALYSIS 19, 2383-2403 [AIS=0.615, IF=2.63 V]

2006

• Brabec, V., Novakova, O. (2006), DNA binding mode of ruthenium complexes and relationship to tumor cell toxicity, DRUG RESISTANCE UPDATES 9, 111-122 [AIS=2.48, IF=12.581 V]
• Spackova, N., Sponer, J. (2006), Molecular dynamics simulations of sarcin-ricin rRNA motif, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 34, 697-708 [AIS=3, IF=7.48 V]
• Sponer, J., Jurecka, P., Marchan, I., Luque, FJ., Orozco, M., Hobza, P. (2006), Nature of base stacking: Reference quantum-chemical stacking energies in ten unique B-DNA base-pair steps, CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL 12, 2854-2865 [AIS=1.593, IF=5.382 V]
• Krasovska, MV., Sefcikova, J., Reblova, K., Schneider, B., Walter, NG., Sponer, J. (2006), Cations and hydration in catalytic RNA: Molecular dynamics of the hepatitis delta virus ribozyme, BIOPHYSICAL JOURNAL 91, 626-638 [AIS=1.917, IF=4.39 V]
• Bartova, E., Kozubek, S. (2006), Nuclear architecture in the light of gene expression and cell differentiation studies, BIOLOGY OF THE CELL 98, 323-336 [AIS=1.657, IF=3.974 V]

2005

• Brabec, V., Kasparkova, J. (2005), Modifications of DNA by platinum complexes - Relation to resistance of tumors to platinum antitumor drugs, DRUG RESISTANCE UPDATES 8, 131-146 [AIS=2.48, IF=12.581 V]
• Vorlickova, M., Chladkova, J., Kejnovska, I., Fialova, M., Kypr, J. (2005), Guanine tetraplex topology of human telomere DNA is governed by the number of (TTAGGG) repeats, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 33, 5851-5860 [AIS=3, IF=7.48 V]
• Bartova, E., Pachernik, J., Harnicarova, A., Kovarik, A., Kovarikova, M., Hofmanova, J., Skalnikova, M., Kozubek, M., Kozubek, S. (2005), Nuclear levels and patterns of histone H3 modification and HP1 proteins after inhibition of histone deacetylases, JOURNAL OF CELL SCIENCE 118, 5035-5046 [AIS=3.251, IF=6.144 V]
• Skalicka, K., Lim, KY., Matyasek, R., Matzke, M., Leitch, AR., Kovarik, A. (2005), Preferential elimination of repeated DNA sequences from the paternal, Nicotiana tomentosiformis genome donor of a synthetic, allotetraploid tobacco, NEW PHYTOLOGIST 166, 291-303 [AIS=2.07, IF=6.03 V]
• Razga, F., Koca, J., Sponer, J., Leontis, NB. (2005), Hinge-like motions in RNA kink-turns: The role of the second A-minor motif and nominally unpaired bases, BIOPHYSICAL JOURNAL 88, 3466-3485 [AIS=1.917, IF=4.39 V]
• Kovarik, A., Pires, JC., Leitch, AR., Lim, KY., Sherwood, AM., Matyasek, R., Rocca, J., Soltis, DE., Soltis, PS. (2005), Rapid concerted evolution of nuclear ribosomal DNA in two tragopogon allopolyploids of recent and recurrent origin, GENETICS 169, 931-944 [AIS=0.973, IF=2.416 V]

2004

• Vyskot, B., Hobza, R. (2004), Gender in plants: sex chromosomes are emerging from the fog, TRENDS IN GENETICS 20, 432-438 [AIS=4.41, IF=8.69 V]
• Sponer, J., Jurecka, P., Hobza, P. (2004), Accurate interaction energies of hydrogen-bonded nucleic acid base pairs, JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 126, 10142-10151 [AIS=2.701, IF=8.58 V]
• Fojta, M., Havran, L., Vojtiskova, M., Palecek, E. (2004), Electrochemical detection of DNA triplet repeat expansion, JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 126, 6532-6533 [AIS=2.701, IF=8.58 V]
• Palecek, E., Masarik, M., Kizek, R., Kuhlmeier, D., Hassmann, J., Schulein, J. (2004), Sensitive electrochemical determination of unlabeled MutS protein and detection of point mutations in DNA, ANALYTICAL CHEMISTRY 76, 5930-5936 [AIS=1.49, IF=5.214 V]
• Fadrna, E., Spackova, N., Stefl, R., Koca, J., Cheatham, TE., Sponer, J. (2004), Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops: Advances and force field limitations, BIOPHYSICAL JOURNAL 87, 227-242 [AIS=1.917, IF=4.39 V]
• Kovarik A, Matyasek R, Lim KY, Skalicka K, Koukalova B, Knapp S, Chase M, Leitch AR (2004), Concerted evolution of 18-5.8-26S rDNA repeats in Nicotiana allotetraploids, BIOLOGICAL JOURNAL OF THE LINNEAN SOCIETY [AIS=2.04, IF=0.991 V]

2003

• Novakova, O., Kasparkova, J., Malina, J., Natile, G., Brabec, V. (2003), DNA-protein cross-linking by trans-[PtCl2(E-iminoether)(2)]. A concept for activation of the trans geometry in platinum antitumor complexes, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 31, 6450-6460 [AIS=3, IF=7.48 V]
• Kasparkova, J., Novakova, O., Marini, V., Najajreh, Y., Gibson, D., Perez, JM., Brabec, V. (2003), Activation of trans geometry in bifunctional mononuclear platinum complexes by a piperidine ligand - Mechanistic studies on antitumor action, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 278, 47516-47525 [AIS=2.223, IF=5.328 V]
• Reblova, K., Spackova, N., Stefl, R., Csaszar, K., Koca, J., Leontis, NB., Sponer, J. (2003), Non-Watson-Crick basepairing and hydration in RNA motifs: Molecular dynamics of 5S rRNA loop E, BIOPHYSICAL JOURNAL 84, 3564-3582 [AIS=1.917, IF=4.39 V]
• Kasparkova, J., Marini, V., Najajreh, Y., Gibson, D., Brabec, V. (2003), DNA binding mode of the cis and trans geometries of new antitumor nonclassical platinum complexes containing piperidine, piperazine, or 4-picoline ligand in cell-free media. Relations to their activity in cancer cell lines, BIOCHEMISTRY 42, 6321-6332 [AIS=1.315, IF=3.226 V]
• Skalicka, K., Lim, KY., Matyasek, R., Koukalova, B., Leitch, AR., Kovarik, A. (2003), Rapid evolution of parental rDNA in a synthetic tobacco allotetraploid line, AMERICAN JOURNAL OF BOTANY 90, 988-996 [AIS=1.339, IF=2.684 V]
• Sponer, J., Hobza, P. (2003), Molecular interactions of nucleic acid bases. A review of quantum-chemical studies, COLLECTION OF CZECHOSLOVAK CHEMICAL COMMUNICATIONS 68, 2231-2282 [AIS=0.208, IF=0.856 V]

2002

• Brabec, V., Kasparkova, J. (2002), Molecular aspects of resistance to antitumor platinum drugs, DRUG RESISTANCE UPDATES 5, 147-161 [AIS=2.48, IF=12.581 V]
• Jelen, F., Yosypchuk, B., Kourilova, A., Novotny, L., Palecek, E. (2002), Label-free determination of picogram quantities of DNA by stripping voltammetry with solid copper amalgam or mercury electrodes in the presence of copper, ANALYTICAL CHEMISTRY 74, 4788-4793 [AIS=1.49, IF=5.214 V]
• Kozubek, S., Lukasova, E., Jirsova, P., Koutna, I., Kozubek, M., Ganova, A., Bartova, E., Falk, M., Pasekova, R. (2002), 3D Structure of the human genome: order in randomness, CHROMOSOMA 111, 321-331 [AIS=2.272, IF=4.979 V]
• Palecek, E., Kizek, R., Havran, L., Billova, S., Fojta, M. (2002), Electrochemical enzyme-linked immunoassay in a DNA hybridization sensor, ANALYTICA CHIMICA ACTA 469, 73-83 [AIS=0.855, IF=3.757 V]
• Marini, V., Kasparkova, J., Novakova, O., Scolaro, LM., Romeo, R., Brabec, V. (2002), Biophysical analysis of natural, double-helical DNA modified by a dinuclear platinum(II) organometallic compound in a cell-free medium, JOURNAL OF BIOLOGICAL INORGANIC CHEMISTRY 7, 725-734 [AIS=1.195, IF=3.415 V]
• Palecek, E., Billova, S., Havran, L., Kizek, R., Miculkova, A., Jelen, F. (2002), DNA hybridization at microbeads with cathodic stripping voltammetric detection, TALANTA 56, 919-930 [AIS=0.74, IF=3.29 V]
• Palecek, E. (2002), Past, present and future of nucleic acids electrochemistry, TALANTA 56, 809-819 [AIS=0.74, IF=3.29 V]
• Fojta, M. (2002), Electrochemical sensors for DNA interactions and damage, ELECTROANALYSIS 14, 1449-1463 [AIS=0.615, IF=2.63 V]
• Palecek, E., Jelen, F. (2002), Electrochemistry of nucleic acids and development of DNA sensors, CRITICAL REVIEWS IN ANALYTICAL CHEMISTRY 32, 261-270 [AIS=0.922, IF=2.621 V]
• Brabec, V. (2002), DNA modifications by antitumor platinum and ruthenium compounds: Their recognition and repair, PROGRESS IN NUCLEIC ACID RESEARCH AND MOLECULAR BIOLOGY, VOL 71 71, 1-68 [AIS=2.69, IF=2.29 V]

2001

• Palecek, E., Fojta, M. (2001), Detecting DNA hybridization and damage, ANALYTICAL CHEMISTRY 73, 74A-83A [AIS=1.49, IF=5.214 V]
• Kizek, R., Trnkova, L., Palecek, E. (2001), Determination of metallothionein at the femtomole level by constant current stripping chronopotentiometry, ANALYTICAL CHEMISTRY 73, 4801-4807 [AIS=1.49, IF=5.214 V]

2000

• Kasparkova, J., Farrell, N., Brabec, V. (2000), Sequence specificity, conformation, and recognition by HMG1 protein of major DNA interstrand cross-links of antitumor dinuclear platinum complexes, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 275, 15789-15798 [AIS=2.223, IF=5.328 V]
• Trantirek, L., Stefl, R., Vorlickova, M., Koca, J., Sklenar, V., Kypr, J. (2000), An A-type double helix of DNA having B-type puckering of the deoxyribose rings, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 297, 907-922 [AIS=2.051, IF=3.871 V]
• Brabec, V., Neplechova, K., Kasparkova, J., Farrell, N. (2000), Steric control of DNA interstrand cross-link sites of trans platinum complexes: specificity can be dictated by planar nonleaving groups, JOURNAL OF BIOLOGICAL INORGANIC CHEMISTRY 5, 364-368 [AIS=1.195, IF=3.415 V]